El término Usquil Proviene de Ushno, vocablo quechua que significa “Altar de Piedras”; en época prehispánicas los indígenas tenían una adoración lítica aunado a ello, la veneración a Catequil Dios del Rayo y el Trueno de los Huamachuco y Cajamarca, Así se originó la palabra Usquil, que etimológicamente significa “Altar del rayo” o “Piedra del Rayo”.
Usquil en la época prehispánica pertenecía al reino de los Huamachuco en la condición de Curacazgo, los antiguos Usquilanos veneraban al Dios Catequil, se representaba como un personaje que llevaba dos hondas en cada mano, con los que producía rayos y truenos.
El 29 de junio 1555 fue fundado como pueblo de San pedro y San Pablo de Usquil, por Marco Pérez y Fray Juan de San Pedro, durante este tiempo funcionó como reducción y obraje. El 11 de enero de 1579 se creó el corregimiento de Huamachuco y el pueblo de San pedro y San Pablo de Usquil pasó a formar parte de este Corregimiento.
A Usquil se le dio el título de Villa por decreto del 9 de noviembre de 1839, confirmado por ley del 27 de octubre de 1827. Se hizo Villa por su fidelidad a la causa de la independencia y de las leyes, así como por sus progresos cada vez mayor en la población, civilización e industrias.
Durante el gobierno del Mariscal Ramón Castilla, por ley del 2 de enero de 1857, Usquil fue elevado a la categoría de distrito, perteneciente a la provincia de Huamachuco, hoy Sánchez Carrión.
El 25 de abril de 1861 se creó la provincia de Otuzco y el distrito de Usquil pasó a integrar dicha jurisdicción, conjuntamente con Salpo, Lucma y Sinsicap.
El 27 de octubre de 1897, durante el gobierno del presidente Nicolás de Piérola, fue elevado a la categoría de ciudad.